Zestaw do transkrypcji T3, przeznaczony do syntezy RNA niewrażliwego na nukleazy. Zawiera mieszankę NTPs z 2′-fluoro CTP i 2′-fluoro UTP. Polimeraza RNA T3 jest zoptymalizowana pod kątem włączania 2′-fluoroanalogów.

Opis:

• Włączenie 2′-fluoropirymidyn chroni oligonukleotydy przed trawieniem przez nukleazy zewnątrzkomórkowe i wydłuża okres półtrwania oligonukleotydów w środowisku bogatym w nukleazy (1, 3).
• Skuteczność transkrypcji T3 w dużym stopniu zależy od optymalizacji i zastosowania wysokiej jakości składników reakcji. Zestaw zawiera starannie dobrane odczynniki i warunki, które zapewniają wysoką efektywność syntezy RNA.
• 2′-fluoropirymidynowe analogi są często stosowane w SELEX do syntezy aptamerów, jak również do uzyskania małych interferujących RNA (siRNA) odpornych na nukleazy, posiadających zdolność wyciszania genów (2).
• Modyfikacje 2′-fluoro zapewniają lepsze możliwości tworzenia struktury drugorzędowej, w porównaniu z modyfikacjami 2′-aminowymi i wykazują lepszą kompatybilność z dalszymi manipulacjami enzymatycznymi, w porównaniu z RNA modyfikowanym 2′-O-metylo analogami.
• Okres półtrwania aptamerów modyfikowanych 2′-fluoro analogami zależy od ich dokładnej sekwencji i struktury drugorzędowej, a także od obecności i rodzaju nukleaz w środowisku reakcji. Typowe wartości okresu półtrwania w surowicy ludzkiej lub zwierzęcej mieszczą się w zakresie od 30 minut do kilku godzin. Natomiast całkowicie niezmodyfikowane RNA ulegają w tych warunkach szybkiej degradacji, a okresy półtrwania są zwykle zbyt krótkie, aby można je było wiarygodnie zmierzyć.
• 2′-fluoropirymidyny są kompatybilne z reakcją odwrotnej transkrypcji z użyciem odwrotnej transkryptazy NG dART (Nr kat. E0801).
• Mieszanka rybonukleotydów składa się z 5’-trifosforanu 2’-deoksy-2’-fluorocytydyny, 5’-trifosforanu 2’-deoksy-2’-fluorourydyny oraz niezmodyfikowanych ATP i GTP. Mieszanka nie zawiera żadnych niezmodyfikowanych CTP ani UTP.