RNaza A jest specyficzną wobec pirymidyny endoribonukleazą aktywną wobec jednoniciowego RNA. RNaza A katalizuje cięcie wiązania fosfodiestrowego między 5′-rybozą nukleotydu i grupą fosforanową przyłączoną do 3′-rybozy sąsiadującego nukleotydu pirymidynowego tworząc 2 ’, 3′-cykliczny fosforan, który może być następnie hydrolizowany do odpowiedniego fosforanu 3′-nukleozydu. Głównym zastosowaniem dla RNazy A jest usuwanie RNA z preparatów DNA.