Subtylizyna E jest zależną od wapnia endopeptydazą serynową o szerokiej swoistości substratowej. Enzym ten rozszczepia wiązania peptydowe preferencyjnie po stronie karboksylowej hydrofobowych reszt aminokwasowych. Enzym wykazuje maksymalną aktywność przy pH 7,5–8,0 oraz w temperaturze 50–55°C. W celu zachowania stabilności strukturalnej i wydajności katalitycznej zaleca się obecność jonów wapnia (1-5 mM CaCl_2​) w buforze reakcyjnym. Subtylizyna E jest rekomendowana do kontrolowanej hydrolizy białek, mapowania peptydowego oraz badań biochemicznych.